نوزادان و شیرخواران مبتلا به رفلاکس معده در معرض عوارض کوتاه مدت یا بلند مدت ناشی از ورود محتویات اسیدی معده به مری و مجاری تنفسی فوقانی می باشند که این عوارض گاه با برطرف شدن رفلاکس خود به خود بهبود میابند و گاه بعد از کنترل عامل زمینه ای نیز ادامه داشته و نیاز به درمان اختصاصی برای هر کدام خواهد بود.